
Somente em 1603, o açoriano Pero Coelho de Souza, acompanhado de Martim Soares Moreno, veio ao Ceará numa fracassada bandeira, onde ali Martim fez amizade com os índios locais, apredendo os dialetos e familiarizando-se com costumes nativos. Pero construiu o forte de São Tiago, na barra do rio Ceará, ao lado do qual surgiu o povoado de Nova Lisboa.
Martim Soares Moreno encontra-se como tenente do forte dos Reis Magos, no Rio Grande, em 1609, fazendo incursões pelo litoral cearense, combatendo traficantes. Em fins de 1611, acompanhado de um padre e de seis soldados, o capitão português Martim Soares Moreno regressou ao Ceará para efetivar a posse da capitania, fundando na Barra do Ceará, com ajuda dos índios de Jacaúna, um pequeno forte - o de São Sebastião - no mesmo local, mais precisamente junto à ermida de Nossa Senhora do Arnparo.
A Capitania do Ceará esteve subordinada ao Estado do Maranhão e Grão-Pará, e depois a Pernambuco, além de ter sido alvo da cobiça colonialista européia.
Em 1637 chegou ao Ceará a primeira expedição holandesa, que ocupou o semi-abandonado forte de São Sebastião, onde permaneceu por sete anos explorando sal e âmbar gris, até que seus integrantes foram dizimados pelos índios. 0utra expedição holandesa, comandada por Matias Beck, desembarcou em 1649 no Mucuripe e construir então o forte Schoonenborch, na embocadura do rio Pajeú, para defender-se dos nativos aliados dos portugueses, ali permanecendo também por sete anos. Assim que os invasores foram expulsos, o forte foi apropriado pelos portugueses e redenominado de Forte de Nossa senhora da Assunção.
Entre 1660 e 1698 houve o surgimento de um acanhado povoado, no qual foi erigida uma capela dedicada a Nossa Senhora da Assunção, além de uma praça de armas.
Apesar de estar inserida no clima semi-árido, sua localização modifica esta realidade por estar entre serras próximas fazendo com que as chuvas de verão ocorram com mais freqüência na cidade e em torno do que no resto do Estado.
Na virada do século, Fortaleza já detinha a sétima maior população urbana do país, passando a tomar medidas de higienização social e de saneamento ambiental, além de executar um plano de aformoseamento urbano abrangendo a implantação de jardins, cafés, coretos e monumentos, e a construção de edifícios segundo padrões europeus.